Justo Puerto es desde 2001 catedrático del Departamento de Estadística e Investigación Operativa de la Universidad de Sevilla. Ha sido profesor visitante en numerosas universidades como Northwestern, Kaiserslautern, Bolonia y Roma, y ha realizado estancias en centros de investigación de gran prestigio como Oberwolfach, el Instituto Newton, Banff y el CMO. Cofundador del Instituto de Matemáticas de la Universidad de Sevilla (IMUS), fue su secretario entre 2007 y 2015 y es su director entre  2021 y 2024. Desde abril de 2025 dirige también el Sello de Excelencia María de Maeztu del IMUS. Desde 1993 ha sido investigador principal, sin interrupción, de nueve proyectos del Plan Nacional y de uno europeo, con más de un millón de euros de financiación.

Sus líneas de investigación incluyen la optimización discreta y multiobjetivo, la teoría de localización y la teoría de juegos. En los últimos años se ha especializado también en redes complejas a gran escala, aprendizaje automático y ciencia de datos. Ha dirigido 22 tesis doctorales, escrito cuatro libros y publicado más de 200 artículos en revistas JCR. Forma parte de varios comités editoriales y fue coeditor jefe de TOP. Ha organizado numerosos talleres y escuelas, y ha impartido conferencias plenarias en foros internacionales. Ha recibido la medalla SEIO (2021), el premio SEIO-FBBVA (2022)  y el premio FAMA de la Universidad de Sevilla (2023).